Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
•    obszar specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków;
•    specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i zwierząt.
Podstawą wyznaczania obszarów Natura 2000 są kryteria naukowe.
Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144  obszar specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one zaledwie 20 proc. powierzchni Kraju.
Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gatunków w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenu naszego nadleśnictwa wyznaczone są dwa obszary NATURA 2000:
Obszar specjalnej ochrony ptaków Nadnoteckie Łęgi o kodzie obszaru PLB 300003.
Nadnoteckie Łęgi obejmujące obszar 16 058, 11 ha – część doliny Noteci między miejscowością Wieleń a ujściem Gwdy. Pokrywają ją łąki zalewowe, torfowiska niskie z kanałami i rowami odwadniającymi oraz wypełnione wodą doły torfowe. Część terenu porośnięta jest krzewami i drzewami. Występują tu przynajmniej 23 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Rady 79/409/EWG oraz ok. 8 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK).Obszar zasiedla co najmniej 1 proc. populacji krajowej kulika wielkiego i podróżniczka, przez co jest on ważną ostoją lęgową dla wspomnianych gatunków. W okresie wędrówek zatrzymują się tu stada gęsi zbożowej.

Specjalny obszar ochrony siedlisk Dolina Noteci o kodzie obszaru PLH 300004.
Dolina Noteci powierzchnia 50 531,99 ha – obszar obejmuje część doliny Noteci między Wieleniem a Bydgoszczą. Obszar zajęty przez torfowiska niskie, pokryte zalewowymi łąkami i trzcinowiskami.  Na zboczach doliny znajdują się płaty muraw kserotermicznych. Teren przecinają kanały i rowy odwadniające. Miejscami występują rozległe płaty łęgów. Obszar częściowo pokrywa się z opisanym wcześniej  obszarem ochrony PLB300003 Nadnoteckie Łęgi.